No kapteiņa par virspavēlnieku
1918.gada decembrī J.Balodis iestājās jaunās Latvijas Republikas militārajā dienestā. Priekš tā laika tas bija drosmīgs solis. Ticības jaunajai valstij tautā nebija, no austrumiem uzbruka lielinieki, Sarkanās armijas rindās mājās atgriezās leģendām apvītie latviešu strēlnieku pulki. Tomēr J.Balodis sāka formēt Instruktoru rezervi – pirmo Pagaidu valdībai pakļauto karaspēka vienību. 3.decembrī viņu iecēla par Instruktoru rezerves (vēlākās 1.Neatkarības rotas) komandieri. Perspektīvā viņam paredzēja visu saformēto latviešu vienību vadību, taču Balodis atteicās. Kā savās atmiņās rakstīja toreizējais Latvijas armijas Ģenerālštāba priekšnieka amata izpildītājs A.Plensners, 1918.gada 31.decembrī pie viņa ieradās J.Balodis ar savu adjutantu V.Austricu un paziņoja, ka nevarot uzņemties atbildību un gādību par karavīriem. turklāt, piebilda Balodis, karavīri ziemas laikā nevarot karot, jo nav pienācīga apģērba, pārtikas un apbruņojuma. Atbildību uzņēmās Oskars Kalpaks...
Nākošais J.Baloža ieraksts Latvijas vēsturē saistās ar 1919.gada 6.martu. nejēdzīgā sadursmē netālu no Airīšu dzelzceļa stacijas krita Atsevišķā latviešu bataljona komandieris pulkvedis O.Kalpaks, novēlot savā vietā palikt Balodim. Sadursme, Kalpaka nāve, pēdējie vārdi jau itin drīz apauga ar mītiem. Virsleitnants Ķīselis Baloža ierašanos pie mirstošā Kalpaka apraksta šādi: ""Kā jūtaties?", pieskrējušais Balodis vaicāja ievainotajam. Spēks jau bija sācis pulkvedi atstāt, tomēr ar pēdējo gribas koncentrāciju viņš vēl satvēra Baloža roku: "Balodi, palieciet manā vietā!"".
Vēlāk Baloža nedraugi apgalvoja, ka Kalpaks, kā bijušais krievu armijas virsnieks, vairs neprazdams labi latviešu valodu, esot teicis: "Nu, golubčiki, ostaņķesj za menja!" ("Nu, balodīši, palieciet manā vietā!"), vēlāk Balodis šo teikumu pārtulkojis burtiski. O.Kalpakam gan latviešu valoda problēmas nekādas nesagādāja...Tāpat ļaunas mēles runāja, ka Kalpaks savā vietā labprātāk būtu redzējis N.Grundmani, Studentu rotas komandieri, kurš krita kopā ar Kalpaku pie Airītēm.
Savu politisko stāju J.Balodis, jau kā brigādes komandieris un pulkvedis (visus operatīvos jautājumus brigādē kārtoja pulkvedis L.Bolšteins), nodemonstrēja arī 1919.gada aprīlī. Pēc K.Ulmaņa Pagaidu valdības gāšanas mēģinājuma 16.aprīlī, Liepājā vācu okupācijas vara centās izveidot t.s. "militāro direktoriju", kurā mēģināja iesaistīt arī J.Balodi. Veselu nedēļu Latvijas Tautas padome, kura slepeni pulcējās Liepājā, centās noskaidrot J.Baloža pozīciju attiecībā pret Pagaidu valdību. Kā rakstīja viens no Latvijas sociāldemokrātu līderiem Bruno Kalniņš, Baltijas landesvēra trieciennodaļas komandieris barons H.fon Manteifels bija slepeni vienojies ar Balodi, ka ieroču brālības vārdā viņa lielinieku frontē stāvošā latviešu brigāde neuzsāks aktīvas darbības pret puča veicējiem. Tomēr liekās, ka Baloža darbībā zināmu lomu nospēlēja krievu armijas virsnieka mentalitāte (līdzīgi kā gadījumā ar firstu A.Līvenu), proti, viņš uzskatīja par negodu sadarboties ar vakarējiem ienaidniekiem. Tomēr Baloža kļūda bija aktīvas rīcības neuzsākšana. Tikai 23.aprīlī viņš beidzot paziņoja par savu atbalstu K.Ulmaņa valdībai, tiesa, neuzsākot nekādu pretdarbību pret šīs valdībās gāzējiem. Atkal Balodis negribēja riskēt un uzņemties atbildību.
Vēlreiz savu neizlēmību Balodis (kāds laikabiedrs viņu nosauca "mīksts kā švamme") nodemonstrēja tūdaļ pēc tam, kad Landesvērs un Dzelzs divīzija 22.maijā ieņēma Rīgu, uzsākot "aizdomīgo" pilsētnieku apšaušanu. 23.maijā Rīgā iesoļoja Baloža vīri, Rīgu sadalīja divās daļās: vācu komandantūras un latviešu komandantūras iecirkņos. Balodis neizdarīja neko lai mazinātu teroru vācu kontrolētajā pilsētas daļā.
Tūlīt pēc tam visas kaujasspējīgās Baloža brigādes daļas tika aizsūtītas uz Ērgļu rajonu, it kā uz pretlielinieku fronti, taču tā atradās tālāk uz Austrumiem Aiviekstes upes līnijā un to turēja igauņi kopā ar 1. Valmieras kājnieku pulku. Rezultātā sākoties Cēsu kaujām Rīgā palika tikai Baloža komandētās Atsevišķās latviešu brigādes štābs un dažas jaunformējamās vienības. J.Balodis Cēsu kauju laikā ieņēma neitrālu pozīciju. Oficiālā versija – Atsevišķā latviešu brigāde atradās Ērgļos, štābs Rīgā, brigādes apgāde pilnīgi atkarīga no vācu militārajām iestādēm, tātad aktīva rīcība bija neiespējama. Šāda Baloža rīcība viņam nekad netika piedota ne ziemeļnieku aprindās, to neaizmirsa arī igauņi, kas iznesa galveno cīņas smagumu Cēsu kaujās.
Pēc Cēsu kaujām saasinājās J.Baloža konflikts ar Ziemeļlatvijas brigādes komandieri Jorģi Zemitānu, kurš vēl maijā bija ultimatīvi pieprasījis Balodim pāriet viņā pakļautībā. Apvienojot abas brigādes vienotā armijā par pirmo tās virspavēlnieku iecēla pensionēto ģenerāli Dāvidu Sīmansonu – kompromisa personu starp Balodi un Zemitānu, kuri nekādi negribēja viens otram pakļauties. Balodis palika par Kurzemes divīzijas komandieri un Austrumu (pretlielinieciskās) frontes pavēlnieku. Armijas virspavēlnieka postenī J.Balodi iecēla 1919.gada 16.oktobrī, veicot reorganizāciju neveiksmīgi karojošā armijas vadībā. Kā virspavēlnieks viņš izveda armiju cauri bermontiādei un Latgales atbrīvošanai. Kā raksta B.Kalniņš, Balodis šinīs cīņās izrādīja noteiktību un ieguva armijas uzticību, 1920.gada sākumā kļūdams par pirmo neatkarīgās Latvijas armijā ģenerāļa pakāpi ieguvušo karavīru.
